Resumo da história do Resident Evil 3 Deluxe Edition

A história começa com a cena de abertura de ação ao vivo/CGI de reportagens que inundam sobre o surto em Raccoon City, enquanto os cientistas da Umbrella terminam o trabalho em seu último projeto: The Nemesis. Após a sequência do título de abertura, a vagem que contém o inimigo pode ser vista sendo carregada em um helicóptero.

Depois, Jill Valentine experimenta um pesadelo, onde fecha a janela e tropeça em seu banheiro. Ela desliga a torneira da pia, apenas para ver o sangue na pia. Quando ela olha para cima, ela se vê começando a se transformar e recua de terror, recuando para a escuridão. Quando ela ressurge na luz, ela vê que se transformou fisicamente em um zumbi. Sabendo que ela tem pouco tempo, ela pega uma pistola próxima e pressiona o barril em seu templo. Ela então dispara, antes de acordar.

O jogo é ambientado em 28 de setembro, 20:07. Jill Rewakens, tendo dormido enquanto fazia investigações da Umbrella de seu apartamento, e recebe um telefonema frenético de Brad Vickers. Ele a adverte que ela tem que sair, antes de ser abruptamente interrompida pelo inimigo estourando pela parede. Ela consegue por pouco a escapar de suas garras correndo para o corredor e outro apartamento e depois chegando à fuga de incêndio. Descendo, ela absorve brevemente a carnificina em que a cidade de Raccoon caiu antes de entrar no prédio do apartamento. Jill é mais uma vez emboscada pelo inimigo e quase é pega, uma vez por seu tentáculo, momentos depois, tentando usar os detritos do prédio para prendê-la, antes de escapar.

Jill encontra Brad, que explica que, embora ele não saiba qual é a criatura, ele está ciente de que é depois do S.T.A.R.S. membros que estão na Raccoon City. Os zumbis quebram barricadas próximas, e o par precisa se retirar dentro de um bar, mas os zumbis conseguem entrar e um deles morde Brad, que percebe que não há tempo e diz a Jill que deve escapar e que ela não deve estragar tudo ele fez. Enquanto Brad sacrifica sua vida para adiar os zumbis, Jill concede a encontrar um helicóptero no topo do prédio da garagem. Chegando a uma sala de armazenamento, ela encontra Dario Rosso, que se tranca dentro de um recipiente de armazenamento, e ela deixa de convencê-lo a escapar com ela.