O jogo é um jogo de lutador de arena 3D, com o jogador capaz de jogar como personagens da série Naruto. As lutas estão apenas entre 2 jogadores, mas podem ter até dois suportes, cada um que pode causar danos. Também existem itens de uso limitado que podem ser usados com o D-PAD para vários efeitos. Cada personagem tem seu próprio jutsu que os permite jogar de maneira diferente. O preenchimento da barra de chakra permitirá que o personagem faça movimentos fortes especiais. Os mais poderosos desencadearão uma cena com entradas para aumentar/reduzir os danos, dependendo de quem os faz primeiro. Os Ninja Dodges também usam um pouco do chakra. Somente o segundo e o terceiro jogos têm modos online, com o terceiro sendo muito mais robusto com os modos classificados.

Cada um dos modos de história do jogo narra uma parte diferente da história de Naruto. O jogo apelidou de cenas, com opções para inglês e japonês. O jogo tem a cidade como um centro entre os capítulos. Nesta cidade, o jogador pode interagir com os personagens, assumir missões e fazer missões secundárias. Além de lutas normais, o jogo também tem lutas especiais de chefes em grandes setores e minijogos com temas ninjas.