Durante a invasão de Krypton por Brainiac, Kara Zor-El e o bebê Kal-El são evacuados, mas o ônibus de Kara é desviado do curso. Alguns anos antes dos eventos do primeiro jogo, Batman e Robin lutam contra um ataque do Regime no Arkham Asylum. Robin muda de ideia e ataca Batman: ele é derrotado, mas se junta ao Regime e mata Victor Zsasz.
Dois anos após a prisão de Superman e a queda do Regime, Batman e a Insurgência estão reconstruindo a sociedade. Sob as ordens de um misterioso benfeitor, Gorilla Grodd forma um grupo de vilões: Espantalho, Bane, Hera Venenosa, Cheetah, Capitão Frio, Flash Reverso, Pistoleiro (depois de colocar um nanochip à força em sua cabeça) e Mulher-Gato (que aparentemente traiu Batman) para formar a Sociedade. Batman despacha Canário Negro, Arqueiro Verde e uma Harley Quinn reformada para Slaughter Swamp, onde eles derrotam Poison Ivy e Scarecrow (embora Harley seja brevemente doseada com Fear Toxin e forçada a enfrentar o falecido Coringa em uma alucinação) antes de seguir os vilões para Gorilla City. Depois de derrotar Catwoman e Bane, eles encontram o Doutor Destino, que os avisa de uma ameaça iminente. Depois de derrotar Grodd, Canary e Arrow são sequestrados por Brainiac, o verdadeiro mestre por trás de Grodd e da Sociedade. Ele deseja coletar Superman e destruir a Terra. Brainiac assume o centro de comunicações de Batman, Brother Eye, então ele começa a recrutar heróis para combatê-lo.
Ele envia o Flash para ajudar contra a invasão em New Metropolis. Depois de derrotar o Capitão Frio, Pistoleiro e Flash Reverso, ele conhece o Lanterna Verde e luta brevemente com ele antes de perceber que ele pode ser confiável. Enquanto isso, Catwoman, na verdade uma agente dupla de Batman, salva Harley. Batman envia Lanterna para recrutar Aquaman para seu curso, e ele concorda depois que Brainiac ataca Atlantis. Enquanto luta contra o ataque, ele encontra seu arqui-inimigo Atrocitus e frustra sua tentativa de transformá-lo nos Lanternas Vermelhos. Adão Negro, Mulher Maravilha e Kara (que foi resgatada do hiperespaço por Adam e recebeu o manto Supergirl) atacam a Prisão do Sol Vermelho em uma tentativa de libertar Superman e seus membros presos do Regime e derrotar Brainiac. Depois de derrotar Blue Beetle e Firestorm, eles formam uma aliança com Batman e a Insurgência com a condição de não matar.
Cyborg, Harley e Catwoman vão para a Batcaverna para recapturar o Irmão Olho. Depois de derrotarem Poison Ivy, Bane e Deadshot, Brainiac liberta Grid do corpo de Cyborg. Depois de derrotá-lo, eles anulam Brainiac e libertam o Irmão Olho. Mulher Maravilha e Supergirl lutam contra a invasão em New Metropolis e derrotam Capitão Frio, Flash Reverso e Espantalho. Depois de derrotar Cheetah, a Mulher Maravilha se prepara para matá-la, mas Harley Quinn intervém, então a Mulher Maravilha a fere mortalmente. Horrorizada, Supergirl derrota a Mulher Maravilha, cura Harley e vai para a Fortaleza da Solidão para enfrentar as ações de Superman Mulher Maravilha. Depois de saber de seu mal, ela derrota Nightwing, Black Adam e Superman. Eles então param de discutir quando percebem que Brainiac coletou New Metropolis. Com raiva, Superman tenta se infiltrar na nave de Brainiac, mas os escudos aparentemente o desintegram. Os heróis se recusam a entregar Supergirl para Brainiac, e Aquaman e Black Adam vão para Kahndaq para liberar energia nos escudos. Grodd faz uma lavagem cerebral em Canário e Arqueiro e os envia atrás dos heróis. Ao derrotar os heróis, eles se juntam a Blue Beetle e enfrentam Grodd, mas ele revela que fez lavagem cerebral em Blue Beetle também. Eles derrotam Beetle e Grodd, e Aquaman mata Grodd para vingar Atlantis. Eles usam o Trident of Atlantis para canalizar energia suficiente para destruir os escudos de Brainiac.